Че­ло­веком, вы­дви­нув­шим на повестку дня научного мира тео­рию эво­лю­ции, был ан­г­лий­ский ес­те­ст­во­вед-лю­би­тель Чарльз Ро­берт Дар­вин. 
Дар­вин ни­ко­гда не изучал био­ло­гию профессионально, но имел лишь лю­би­тель­ский ин­те­рес к при­ро­де и жи­вот­ным. В 1832 г. он записался до­б­ро­воль­цем на исследовательское судно «Бигл» в составе экспедиции, организованной правительством Великобритании, и в те­че­ние пя­ти лет совершил путешествие по нескольким континентам. Мо­ло­дой Дар­вин был сильно впе­чат­ле­н уви­ден­ным разнообразием животного мира, более всего он увлекся изучением раз­лич­ных ви­дов зяб­ли­ков, оби­тав­ших на Га­ла­па­госских островах. Увидев столь великое разнообразие видов птиц на островах, Дарвин предположил, что от­ли­чие клю­вов этих птиц за­ви­сит от ок­ру­жа­ю­щей сре­ды. Опи­ра­ясь на это заключение, он сде­лал для се­бя вы­вод: жи­вые ор­га­низ­мы не бы­ли со­з­да­ны Всевышним Творцом по отдельности, как это утверждалось в те времена наукой,  а произошли от единого пред­ка и, за­тем ви­до­из­ме­нялись под воздействием природных условий региона. 
Эта ги­по­те­за Дар­ви­на не ос­но­вы­ва­лась на ка­ком-либо  на­уч­ном объ­яс­не­нии или экс­пе­ри­мен­те. Ги­по­те­за Дар­ви­на ут­вер­ди­лась в качестве тео­рии лишь бла­го­да­ря материалистам-биологам, активно подхватившим «новую» идею. Со­глас­но этой тео­рии, все жи­вые ор­га­низ­мы, существующие на Земле, про­изошли от од­ного пред­ка, но в те­че­ние дли­тель­ного вре­ме­ни претерпевали  не­боль­шие «полезные из­ме­не­ни­я», которые со временем накапливались, и, таким образом, живые организмы  на­чали от­ли­чать­ся друг от дру­га. Те ви­ды живых существ, которые бо­лее ус­пеш­но адап­ти­ро­вались к при­род­ным ус­ло­ви­ям, пе­ре­да­вали свои осо­бен­но­сти сле­ду­ю­ще­му по­ко­ле­нию. Та­ким об­ра­зом, эти по­лез­ные из­ме­не­ния со вре­ме­нем пре­вра­щали ин­ди­вид в жи­вой ор­га­низм, пол­но­стью от­лич­ный от сво­его пред­ка. Что же под­ра­зу­ме­ва­лось под «по­лез­ны­ми из­ме­не­ни­ями», так и ос­та­лось не­из­вест­ным. По мне­нию Дар­ви­на, че­ло­век яв­лял­ся са­мым раз­ви­тым про­ду­к­том этого ме­ха­низ­ма. Ожи­вив этот ме­ха­низм в сво­ем во­о­б­ра­же­нии, Дар­вин на­звал его «эво­лю­ци­ей пу­тем ес­те­ст­вен­ного от­бо­ра». Он был убежден, что на­шел кор­ни «про­ис­хо­ж­де­ния ви­дов»: ос­но­ва од­ного ви­да – дру­гой вид. Эти идеи он впервые опубликовал в 1859 го­ду в сво­ей кни­ге «Про­ис­хо­ж­де­ние ви­дов путем естественного отбора». 
Од­на­ко Дар­вин по­ни­мал, что в его тео­рии бы­ло много не­ре­шен­но­го и противоречивого. Целая глава в упомянутой книге посвящена рассуждениям о противоречиях в теории и названа «Затруднения, встречаемые тео­рией» (Difficulties of Theory). Противоречия же за­клю­ча­лись в ком­п­лекс­ных ор­га­нах жи­вых ор­га­низ­мов, случайное возникновение которых было невозможно (на­при­мер, строение глаза), а так­же в отсутствии ис­ко­па­е­мых ос­тан­ков так называемых промежуточных форм  и ин­стин­к­тах жи­вот­ных. Дар­вин на­де­ял­ся на то, что эти тру­д­но­сти бу­дут пре­одо­ле­ны по мере развития науки, в про­цес­се но­вых от­кры­тий, на не­ко­то­рые же из них он да­вал не­пол­ные объ­яс­не­ния. Аме­ри­кан­ский фи­зик Лип­сон про­ком­мен­ти­ро­вал эти «тру­д­но­сти» Дар­ви­на та­ким об­ра­зом: 
«Про­чи­тав пер­вый раз «Про­ис­хо­ж­де­ние ви­дов», я за­ме­тил, что Дар­вин не был уве­рен в се­бе. Так, на­при­мер, раз­дел под на­зва­ни­ем «Затруднения, встречаемые тео­рией» вы­зы­ва­ет оче­вид­ное не­до­ве­рие. Как фи­зик, я был весьма  удивлен  его рас­су­ж­де­ни­я­ми о по­я­в­ле­нии гла­за».
Од­на­ко развивающаяся наука вместо преодоления трудностей Дарвина, делала их еще более противоречивыми и лишенными всякой логики. 
Дар­вин, развивая свою теорию, находился под сильным влиянием био­ло­гов-эво­лю­ци­о­ни­стов, прежде всего фран­цуз­ского био­ло­га Ла­мар­ка. По мне­нию Ла­мар­ка, жи­вые су­ще­ст­ва из по­ко­ле­ния в по­ко­ле­ние пе­ре­давали осо­бен­но­сти, при­об­ре­тен­ные ими в те­че­ние жиз­ни, и та­ким об­ра­зом эво­лю­ци­о­ни­ровали. На­при­мер, жи­ра­фы про­изош­ли от ви­да жи­вот­ных, по­хо­жих на га­зе­лей, а шеи их вы­тя­ну­лись из-за того, что они бы­ли вы­ну­ж­де­ны постоянно тянуться за ли­ст­вой на вы­со­кие де­ревь­я. Тогда Дар­вин, для объ­яс­не­ния механизма эво­лю­ции жи­вых ор­га­низ­мов, об­ра­тил­ся к те­зи­су Ла­мар­ка «о наследственной пе­ре­да­че при­об­ре­тен­ных осо­бен­но­стей».
Од­на­ко оши­ба­лись и Ла­марк и Дар­вин. В тот период развития науки ис­сле­до­ва­ние жи­вых ор­га­низ­мов про­во­ди­лось с по­мо­щью весьма при­ми­тив­ных тех­но­ло­гий, еще не существовало таких отраслей науки, как ге­не­ти­ка и био­хи­мия. Те­о­рия опи­ра­лась толь­ко лишь на си­лу во­о­б­ра­же­ния. 
В то вре­мя как Дар­вин сле­дил за от­кли­ка­ми о сво­ей кни­ге, ав­ст­ра­лий­ский бо­та­ник Грегор Мен­дель в 1865 го­ду от­крыл за­кон на­след­ст­вен­но­сти. Од­на­ко от­кры­тия Мен­де­ля не бы­ли ус­лы­ша­ны научным миром вплоть до кон­ца сто­ле­тия и были вновь открыты для изучения толь­ко в на­ча­ле 1900 г. вме­сте с зарождением ге­не­ти­ки. В эти же го­ды бы­ло исследовано стро­е­ние ге­нов и хро­мо­сом, а от­кры­тие в 1950 го­ду мо­ле­ку­лы ДНК, заключающей в себе ге­не­ти­че­скую ин­фор­ма­цию об особенностях каждого конкретного живого индивида, по­вер­г­ли тео­рию в глубокий кри­зи­с, поскольку стро­е­ние жи­вых ор­га­низ­мов ока­за­лось на­мно­го слож­нее, чем утверждал Дар­вин и эволюционисты ХIX века, не­со­сто­я­тель­ность ме­ха­низ­ма эво­лю­ции стала еще более очевидна.
Таким образом, псевдонаучная, абсолютно необоснованная теория Дар­ви­на долж­на бы­ла быть по­ме­ще­на на пыль­ные пол­ки ис­то­рии. Од­на­ко не­ко­то­рые кру­ги на­ста­и­ва­ли на не­об­хо­ди­мо­сти об­но­в­ле­ния тео­рии и пы­та­лись лю­бы­ми си­ла­ми по­двести под нее на­уч­ную плат­фор­му. Однако бы­ло яс­но, что все эти уси­лия име­ли ско­рее идео­ло­ги­че­скую цель, чем желание найти на­уч­ную истину.