Механизм ес­те­ст­вен­ного от­бора не при­нес никакого «прогресса» для тео­рии эво­лю­ции, ибо было очевидно, что данный ме­ха­низм не в состоянии обо­га­тить или усо­вер­шен­ст­во­вать ге­не­ти­че­скую ин­фор­ма­цию, пре­вра­тить один вид в дру­гой, то есть мор­скую звез­ду - в ры­бу, ры­бу - в ля­гуш­ку, ля­гуш­ку - в кро­ко­ди­ла или кро­ко­ди­ла - в пти­цу.

Один из ярых сто­рон­ни­ков теории эво­лю­ции Стефан Джей Го­улд, создатель теории «скачкообразной эволюции», признался в бе­зыс­ход­но­сти механизма ес­те­ст­вен­ного от­бо­ра так:

«Суть дар­ви­низ­ма мож­но вы­ра­зить од­ним пред­ло­же­ни­ем: ес­те­ст­вен­ный от­бор – это дви­жу­щая си­ла эво­лю­ци­он­ного из­ме­не­ния. Ни­к­то не от­ри­ца­ет не­га­тив­ную роль ес­те­ст­вен­ного от­бо­ра, при ко­то­ром про­ис­хо­дит от­бор силь­ных и сла­бых. Од­на­ко тео­рия Дар­ви­на пы­та­ет­ся еще «со­з­дать наиболее при­спо­соб­лен­ных».

Заблуждение эво­лю­ци­о­ни­стов за­клю­ча­ет­ся в том, что они пытаются  по­ка­зать этот ме­ха­низм в ро­ли со­з­на­тель­ного кон­ст­ру­к­то­ра. Од­на­ко ес­те­ст­вен­ный от­бор не на­де­лен ра­зу­мом, ко­то­рый был бы спо­со­бен оп­ре­де­лить, что хо­ро­шо для жи­вых ор­га­низ­мов, а что нет. Таким образом, ес­те­ст­вен­ный от­бор не в состоянии объ­яс­нить происхождение си­с­те­м и ор­га­нов, име­ю­щих комплексное  стро­е­ние. Эти си­с­те­мы и ор­га­ны об­ра­зу­ют­ся в ре­зуль­та­те со­во­куп­ной де­я­тель­но­сти вза­и­мо­свя­зан­ных ча­с­тей, и от­сут­ст­вие или де­фект хо­тя бы од­ной из них при­во­дит к на­ру­ше­нию их функ­ций. Та­ким си­с­те­мам свой­ст­вен­на «не­уп­ро­ща­е­мая ком­п­лекс­ность». К при­ме­ру, стро­е­ние че­ло­ве­че­ского гла­за не мо­жет быть про­ще, чем оно есть, так как от­сут­ст­вие ка­кой-ли­бо ча­с­ти этого ор­га­на ста­нет при­чи­ной его не­пол­но­цен­но­го функ­ци­о­ни­ро­ва­ния.

 Ра­зум, со­з­дав­ший та­кого ро­да си­с­те­му, дол­жен был, пред­ви­дя бу­ду­щее, за­да­вать­ся це­лью по­лу­чить ту поль­зу, ко­то­рую мож­но ожи­дать толь­ко от со­вер­шен­ной фор­мы. Но так как ес­те­ст­вен­ный от­бор – это ме­ха­низм, не на­де­лен­ный ра­зу­мом и си­лой, то, сле­до­ва­тель­но, он не спо­со­бен рассчитать эту необходимую и совершенную модель строения. Дан­ный факт в кор­не сокрушает тео­рию эво­лю­ции, чего и опа­сал­ся Дар­вин, го­во­ря:

«Ес­ли бу­дет до­ка­за­на не­воз­мож­ность об­ра­зо­ва­ния ком­п­лекс­но­го ор­га­на в ре­зуль­та­те мно­го­чис­лен­ных последовательных ма­лых из­ме­не­ний, моя тео­рия по­тер­пит крах».

Ес­те­ст­вен­ный от­бор лишь от­се­и­ва­ет сла­бых, по­ка­ле­чен­ных или неполноценных особей, не со­от­вет­ст­ву­ю­щих условиям ок­ру­жа­ю­щей сре­ды. Но этот механизм не спо­со­бен со­з­дать но­вые ви­ды, ор­га­ны или но­вую ге­не­ти­че­скую ин­фор­ма­цию, то есть при­ве­с­ти к развитию (эво­лю­ции). Дар­вин со­г­ла­сил­ся с этой ис­ти­ной, ска­зав, что «ес­ли по­лез­ные из­ме­не­ния от­сут­ст­ву­ют, то ес­те­ст­вен­ный от­бор бессилен что-либо  из­ме­нить». В свя­зи с этим, нео­дар­ви­низм был вы­ну­ж­ден на­ряду с ес­те­ст­вен­ным от­бо­ром пред­ста­вить и механизм му­та­ций  в ка­че­ст­ве «при­чи­ны по­зи­тив­ных из­ме­не­ний». Ме­ж­ду тем, му­та­ции мо­гут быть «при­чи­ной лишь не­га­тив­ных из­ме­не­ний».