Эво­лю­ци­о­ни­сты, пред­ста­в­ляя ар­хео­пте­ри­к­са как пе­ре­ход­ную фор­му, в ос­нов­ном опи­ра­лись на два пун­к­та: зу­бы и ког­ти. На­ли­чие зу­бов и ког­тей у ар­хео­пте­ри­к­са вер­но, но это не го­во­рит о ка­кой-ли­бо свя­зи с пре­смы­ка­ю­щи­ми­ся. По­то­му что в на­ше вре­мя су­ще­ст­ву­ет два ви­да птиц, Taouraco и Hoatzin, ко­то­рые име­ют ког­ти для то­го, что­бы дер­жать­ся за вет­ки. И эти жи­вые су­ще­ст­ва – на­сто­я­щие пти­цы, не име­ю­щие ни­чего об­щего с пре­смы­ка­ю­щи­ми­ся. Сле­до­ва­тель­но, на­ли­чие ког­тей у ар­хео­пте­ри­к­са не го­во­рит о том, что это пе­ре­ход­ная фор­ма, т.е. дан­ное ут­вер­жде­ние без­ос­но­ва­тель­но.

Та­ким же об­ра­зом и на­ли­чие зу­бов у ар­хео­пте­ри­к­са не де­ла­ет из не­го пе­ре­ход­ную фор­му. Эво­лю­ци­о­ни­сты, ут­вер­ждая, что эти зу­бы яв­ля­ют­ся осо­бен­но­стью пре­смы­ка­ю­щих­ся, пред­на­ме­рен­но лгут. По­то­му что зу­бы яв­ля­ют­ся осо­бен­но­стью не толь­ко пре­смы­ка­ю­щих­ся. В на­ши время есть ви­ды пре­смы­ка­ю­щих­ся как с зу­ба­ми, так и без них. Прав­да, сейчас уже не су­ще­ст­ву­ет зу­ба­стых птиц, од­на­ко ос­тан­ки ука­зы­ва­ют на их со­су­ще­ст­во­ва­ние в од­но и то же вре­мя с ар­хео­пте­ри­к­сом, по­с­ле него и да­же в пе­ри­о­ды, бо­лее при­бли­жен­ные к на­ше­му. Са­мое глав­ное то, что стро­е­ние зу­бов ар­хео­пте­ри­к­са и дру­гих птиц со­вер­шен­но от­ли­ча­ет­ся от стро­е­ния зу­бов ди­но­зав­ров, их так на­зы­ва­е­мых пред­ков. Исс­ле­до­ва­ния, про­ве­ден­ные из­вест­ны­ми ор­ни­то­ло­га­ми Мар­ти­ном, Стю­ар­том и Уэт­сто­уном по­ка­за­ли, что по­верх­ность зу­бов у птиц пло­ская, а кор­ни ши­ро­кие, в то вре­мя как у «пред­ков» птиц – ди­но­зав­ров Theropod, по­верх­ность зу­бов ко­ни­че­ская, а кор­ни уз­кие.Те же ис­сле­до­ва­те­ли срав­ни­ли за­пя­ст­ную кость ар­хео­пте­ри­к­са и ди­но­зав­ров и при­шли к вы­во­ду, что ме­ж­ду ни­ми не су­ще­ст­ву­ет ни­ка­кого сход­ст­ва. Выд­ви­ну­тые же Джо­ном Ос­т­ро­мом не­ко­то­рые «сход­ст­ва» ме­ж­ду ар­хео­пте­ри­к­сом и ди­но­зав­ра­ми, впо­с­лед­ст­вии бы­ли оп­ро­верг­ну­ты ре­зуль­та­та­ми ис­сле­до­ва­ний та­ких ана­то­мов, как Тар­си­та­но, Хечт и Уол­кер.

Все это го­во­рит о том, что ар­хео­пте­рикс яв­ля­ет­ся не пе­ре­ход­ной фор­мой, а толь­ко при­над­ле­жит к от­дель­но­му клас­су, ко­то­рый мож­но на­звать «пти­ца­ми, име­ю­щи­ми зу­бы».