Со­глас­но тео­рии эво­лю­ции все жи­вые ор­га­низ­мы про­изош­ли друг от дру­га. Су­ще­ст­во­вав­ший ра­нее вид жи­вого ор­га­низ­ма со вре­ме­нем пре­вра­щал­ся в дру­гой. И та­ким об­ра­зом по­я­в­ля­лись все ви­ды. Со­глас­но этой же тео­рии, это пре­вра­ще­ние за­ня­ло не­сколь­ко сот мил­ли­о­нов лет и про­грес­си­ро­ва­ло шаг за ша­гом.

В та­ком слу­чае, в про­цес­се та­кого дли­тель­ного пре­об­ра­зо­ва­ния, долж­ны бы­ли по­я­вить­ся и су­ще­ст­во­вать пе­ре­ход­ные ви­ды. На­при­мер, долж­ны бы­ли су­ще­ст­во­вать су­ще­ст­ва, на­де­лен­ные свой­ст­ва­ми ры­бы и пре­смы­ка­ю­ще­го­ся. Или же долж­ны бы­ли су­ще­ст­во­вать су­ще­ст­ва, но­ся­щие в се­бе осо­бен­но­сти и пре­смы­ка­ю­щих­ся, и птиц. И так как эти жи­вые су­ще­ст­ва на­хо­ди­лись в пе­ре­ход­ной ста­дии, они долж­ны бы­ли быть по­ка­ле­чен­ны­ми, не­со­вер­шен­ны­ми или с яв­ны­ми не­до­с­тат­ка­ми. Эво­лю­ци­о­ни­сты ве­рят в су­ще­ст­во­ва­ние этих во­о­б­ра­жа­е­мых со­з­да­ний в про­шлом и на­зы­ва­ют их «пе­ре­ход­ны­ми фор­ма­ми».

Ес­ли эти су­ще­ст­ва на са­мом де­ле и су­ще­ст­во­ва­ли в про­шлом, то их ко­ли­че­ст­во и раз­но­вид­но­сти долж­ны ис­чис­лять­ся мил­ли­о­на­ми, и да­же мил­ли­ар­да­ми. По­то­му что ко­ли­че­ст­во этих пе­ре­ход­ных форм долж­но пре­вы­шать ко­ли­че­ст­во из­вест­ных нам на се­го­д­няш­ний день ви­дов жи­вот­ных, и во всех ча­с­тях света долж­ны на­хо­дить­ся ос­тан­ки этих пе­ре­ход­ных форм. Дар­вин в кни­ге «Про­ис­хо­ж­де­ние ви­дов» объ­яс­нил это так:

«Ес­ли моя тео­рия вер­на, то обя­за­тель­но долж­ны су­ще­ст­во­вать пе­ре­ход­ные фор­мы, свя­зу­ю­щие ви­ды ме­ж­ду со­бой. До­ка­зать их су­ще­ст­во­ва­ние мож­но толь­ко с по­мо­щью ис­ко­па­е­мых ос­тан­ков.»

Од­на­ко Дар­вин, на­пи­сав­ший эти стро­ки, знал об от­сут­ст­вии по­доб­ных ос­тан­ков. И это за­во­ди­ло в ту­пик его тео­рию. По­э­то­му в раз­де­ле под на­зва­ни­ем «Трудности тео­рии» в кни­ге «Про­ис­хо­ж­де­ние ви­дов» он пи­шет так:

«Ес­ли на са­мом де­ле ви­ды про­изош­ли друг от дру­га, по­сте­пен­но раз­ви­ва­ясь, то в та­ком слу­чае по­че­му мы не стал­ки­ва­ем­ся с бес­чис­лен­ным ко­ли­че­ст­вом пе­ре­ход­ных форм? По­че­му в при­ро­де все на сво­их ме­с­тах, а не в ха­о­се? Долж­ны быть бес­чис­лен­ные пе­ре­ход­ные фор­мы в мно­го­чис­лен­ных сло­ях зе­м­ли... По­че­му ка­ж­дое гео­ло­ги­че­ское стро­е­ние и ка­ж­дый слой не на­пол­не­ны эти­ми свя­зу­ю­щи­ми звень­я­ми? Гео­ло­гия не смог­ла вы­дви­нуть по­э­тап­ного про­цес­са, не об­на­ру­жи­ла пе­ре­ход­ных форм и, воз­мож­но, в бу­ду­щем это бу­дет са­мым ве­с­ким ар­гу­мен­том про­тив мо­ей тео­рии.»

Един­ст­вен­ным объ­яс­не­ни­ем Дар­ви­на в той си­ту­а­ции бы­ла не­хват­ка ар­хео­ло­ги­че­ских на­хо­док на тот мо­мент. Он ут­вер­ждал, что «при бо­лее де­таль­ном изу­че­нии ос­тан­ков, пе­ре­ход­ные фор­мы бу­дут обя­за­тель­но най­де­ны».

Эво­лю­ци­о­ни­сты, по­ве­рив в про­ри­ца­ние Дар­ви­на, в се­ре­ди­не XIX ве­ка ли­хо­ра­доч­но ис­сле­до­ва­ли ос­тан­ки во всех ча­с­тях све­та, пы­та­ясь най­ти пе­ре­ход­ные фор­мы.

Од­на­ко все ста­ра­тель­ные по­ис­ки за­кон­чи­лись без­ре­зуль­тат­но. Ос­тан­ки, най­ден­ные в ре­зуль­та­те рас­ко­пок, на­пе­ре­кор ожи­да­ни­ям эво­лю­ци­о­ни­стов по­ка­зы­ва­ли, что жи­вые ор­га­низ­мы по­я­ви­лись мгно­вен­но, без де­фе­к­тов и не­до­с­тат­ков. Эво­лю­ци­о­ни­сты, пы­та­ясь до­ка­зать тео­рию, сво­и­ми же ру­ка­ми раз­ру­ши­ли ее.

Из­ве­ст­ный ан­г­лий­ский па­лео­нто­лог Де­рек Агер при­зна­ет этот факт, не­смо­т­ря на то, что он эво­лю­ци­о­нист:

«На­ша про­б­ле­ма со­сто­ит в сле­ду­ю­щем: при де­таль­ном ис­сле­до­ва­нии ос­тан­ков на уров­не ви­дов или клас­сов, мы по­сто­ян­но стал­ки­ва­ем­ся с од­ной и той же ис­ти­ной и ви­дим не сту­пен­ча­тое воз­ник­но­ве­ние в про­цес­се эво­лю­ции, а мгно­вен­ное об­ра­зо­ва­ние групп на Зе­м­ле.»

Дру­гой эво­лю­ци­о­нист-па­лео­нто­лог Марк Чар­не­ки ком­мен­ти­ру­ет так:  

«Ос­тан­ки все­гда бы­ли боль­шой пре­гра­дой для до­ка­за­тель­ст­ва тео­рии (эво­лю­ции)... Они ни­ко­гда не пред­ста­в­ля­ли пе­ре­ход­ных форм, пред­по­ла­га­е­мых Дар­ви­ном. Ви­ды по­я­в­ляют­ся мгно­вен­но и так же мгно­вен­но ис­че­за­ют. И эта не­ожи­дан­ная си­ту­а­ция ста­ла под­держ­кой в поль­зу ар­гу­мента со­з­да­ния всего жи­вого Бо­гом.»

Эти ар­хео­ло­ги­че­ские «про­бе­лы» не мо­гут быть вос­пол­не­ны уте­ше­ни­ем о том, что в один пре­крас­ный день не­об­хо­ди­мые ос­тан­ки обя­за­тель­но бу­дут най­де­ны. Про­фес­сор па­лео­нто­ло­гии уни­вер­си­тета Глазго Т.Н. Джордж объ­яс­ня­ет при­чи­ну так:

«Те­перь уже не­воз­мож­но дать объ­яс­не­ние, ко­то­рое бы вос­пол­ни­ло эво­лю­ци­он­ный «про­бел» в ос­тан­ках, так как име­ю­щи­е­ся у нас на­ход­ки очень бо­га­ты. И ка­жет­ся, но­вые ис­сле­до­ва­ния ни­чего не из­ме­нят.»